郑芝龙占据东番岛，以此为根据地，设立佐谋、督造、主饷、监守、先锋等官职，对当地居民实行管理，在海峡两岸进行大规模走私贸易，年入白银数以百万计，富可敌国。

崇祯元年，郑芝龙接受福建巡抚熊文灿招抚，在料罗湾大破荷军。

崇祯三年福建大灾，郑芝龙向福建巡抚熊文灿建议，招募饥民到东番岛垦荒，每人给银五两，三人给牛一头，用海船载他们到东番岛进行垦殖。

之前的天启四年，荷兰人己经侵占东番岛西南部，先在大员建东番城，荷兰人称之为"热兰遮城"。

后来又在赤嵌地区建赤嵌城，荷兰人称之为"普罗文查城"，做为军事据点，武力镇压高山族，烧毁村庄。

然而荷人所占，不过几座城堡而已，汉人在东番岛势力远大于荷兰人。

郑芝龙没有完全驱逐岛上荷兰人，有考虑到城堡难以攻打的因素，也有贸易的需要。

除荷兰人之外，东番岛北部鸡笼、淡水也有西班牙人建立的据点。

孙承宗、徐光启、杨嗣昌还在争论不休，朱由检道：＂拟旨，召福建巡抚熊文灿进京。＂

孙承宗问：“请问皇上召熊文灿是为了什么？“

朱由检道：＂朕准备从陕西移一百万人，开拓东番岛。＂

孙承宗、徐光启、杨嗣昌吃了一惊。

孙承宗：＂弹丸小岛，如何养活百万人？＂

朱由检：＂别说一百万人，二百万人都能养活。“

徐光启：“东番岛上势力错综复杂，既有荷兰人，西班牙人，还有郑芝龙的人，日本人也在觊觎东番岛，他们这些人都不是好惹的，朝廷贸然介入，恐怕会惹下很多麻烦。＂

朱由检恶狠狠说道：＂他们不好惹，朕就好惹吗？管他什么人，一律叫他滚蛋。不滚蛋就拿机关枪打死，扔海里喂鲨鱼！＂