此时的地方官府已经是一个空架子，根本没人坐镇指挥，能跑的听到风声就已经跑了。加之有熊本藩的内应提前策反，导致小崎佑太留在这里的百余名士兵也没有尝试反抗，就直接选择弃械投降了。

长崎港的外国商家在这场短暂的军事行动中基本都未蒙受损失，仅有少数隶属于幕府的商户，在熊本军控制住局势之后，便被一一登门查抄财物。

既然已经动手占领幕府的地盘，那么自然不会放过幕府名下的各种财产。不过熊本藩的目的是接管长崎而不是抢完就走，今后还要在这里执政，所以吃相也不能太难看，以免被本地的外国商人看轻。

与此同时，熊本军在长崎各处张贴告示，宣布此次占领长崎只是为了保卫熊本藩的人员和财物，不会干涉本地的商业运营，更不会封锁港口，一切规矩照旧。

虽然借口冠冕堂皇，但所有人都明白，长崎其实已经易主，而熊本藩大概也不会主动再将这个地方还给幕府了。

不过这长崎的归属是否会就此从“德川”改成“熊本”，那倒也不一定。毕竟盯着长崎这地方的远不止熊本藩一家，占下来之后能不能守得住还不好说。

所以绝大多数商家对于长崎的新主人也没有表现出太多热情，都是克制地保持着距离，谁也不能确定熊本军过两天会不会又被别家军队给赶出去。

熊本军仅花了一天时间，便基本控制住了长崎港的主要区域，期间也没有大规模的武装冲突发生，可以说将影响降低到了最低程度。

不过在此期间，熊本军倒是抓了不少人，基本都是隶属于幕府的人员，其中还不乏有之前从九州其他小藩跑来长崎躲避战乱的官员和贵族。

次日，熊本藩的一些官方人员便主动拜访了九州几家强藩设在长崎的机构，向对方通报了目前的情况，并要求他们通知各自的主家，熊本藩已经将长崎划入了领地范围。

这种宣誓主权的方式也极为大胆，毕竟熊本藩对长崎的占领还没有得到任何一方势力的认可，九州其他大名也可以在这个时候打着平乱的旗号讨伐长崎，跟熊本藩掰一掰手腕。