太祖驾崩后，皇太孙朱允炆即位，随即发起了声势浩大的削藩运动。好在朱允炆的目标都是他的叔父，像朱尚炳这样的第二代亲王倒没有受到波及。

纵观几年成败之后，齐王的四叔燕王朱棣杀进南京城，成为了新的皇帝明成祖。

朱棣称帝之后的数月内，在外的楚王朱桢、蜀王朱椿、湘王朱柏、晋王朱济等藩王纷纷主动进京朝觐，承认新皇帝的合法地位。

唯独朱尚炳自己没去，派弟弟去的。1402年，朱棣安排朝廷重臣、兵部尚书茹常之子和朱尚炳的妹妹长安郡主结了亲，同时找朱尚炳入京觐见，如此朱尚炳才不情不愿地启程。

本以为如此一来，秦王与朱棣就能相安无事，但是偏偏朱尚炳祭祀父母时用了两个借阅的称呼，称父母为“皇考妣”，又称生母为“愍烈妃”，对此朱棣虽然没有深究。

但他已讨伐鞑靼大汗本雅失里为借口，从秦王护卫中抽调了近2万人。这让朱尚炳心态炸裂，明成祖遣使者到朱尚炳封地，他也以生病为借口，不出迎以示抗议。

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朱棣以此为机会，以辅导不利为由，秦王长史、纪善、典仪等王府高层官员一锅端了，还写了一封措辞极其严厉的敕书敲打朱尚炳，朱尚炳得旨立马启程前往南京谢罪。

回家后不久，32岁的朱尚炳就去世了，将王位传给了嫡子朱志堩。秦王朱志堩一生谨小慎微，在位13年，21岁去世，谥号僖。由于朱志堩没有子嗣，最终庶长兄魏南王朱志均进封，但是朱志均24岁离世时也没儿子，于是就又由弟弟朱志皦继承了秦王位。

这一脉最终继承到第15任秦王朱存枢。1643年，李自成攻破西安，朱存枢投降被李自成封为权将军，一年后李自成讨伐吴三桂，他与其他被俘的明朝诸王随军至山海关之后便下落不明。

朱尚烈是朱樉的二儿子，明成祖登基后朱尚烈被哥哥朱尚炳派去京城觐见，承认他四叔的官方统治者地位。第二年，朱棣就封朱尚烈为永兴郡王，同时还册立马指挥高志之女为永兴王妃。

不过朱棣没有让朱尚烈回家，而是把他打发到甘肃巩昌镇守。

这样一来，秦王朱尚炳就少了一个帮手，但是朱尚烈根本不愿意远去巩昌，于是走到凤阳府时，他就将迎接的人上至留守司官员，下到指挥小校都毒打了一顿，闹得满城风雨，最终镇守巩昌之事只能作罢，朱尚烈最终留在了老家西安。

直到1418年，朱尚烈去世，在位17年，享年35岁，朝廷赐谥号懿简。

朱尚烈有两个儿子，大儿子朱志堩在15岁时继承了永兴王位，48岁时去世，谥号恭陷。朱志堩有三个儿子，朱公鉐、朱公冉和朱公鉱。

朱公鉐后来继承了父亲朱志堩的永兴王位，又传给了自己的儿子朱成兰。但是由于朱成兰自己的两个儿子后来都不幸去世了，就由侄子朱炳举继承了永兴王的位置。

但是侄子朱炳举属于不合法继承即冒封，于是爵位传到了朱炳举儿子朱伟璀那里，就没再传下去。

朱尚烈的二儿子朱志成后来被封为镇国将军，史书记载他有三个儿子，朱公鉐、朱公玲和朱公凯。还有一个孙子朱成。

朱尚烈的三儿子朱尚煜在朱棣即位后被册封为保安王，后来朱尚煜26岁去世，事后保安王去世之时并无子嗣，只有妾氏赵氏怀有身孕。

好在此后赵氏为朱尚煜产下一位遗腹子，取名朱志堩，这才使得保安王的香火不至断绝。朱志堩和父亲一样英年早逝，朝廷赐谥号道顺。

好在朱志堩留下了嫡长子朱公铉、嫡次子朱公鋐和第三子朱公度。

朱公铉在朱志堩去世后继承了保安王位，但朱公铉去世后，由于没有子嗣，保安王位就落到了弟弟朱公鋐头上，朱公鋐36岁去世时还是没有子嗣，接力棒又传到弟弟朱公度手里。