由于先后参与平叛的天津总兵王洪、保定总兵刘国柱、通州总兵杨御藩、蓟州总兵邓玘、登州总兵吴安邦、昌平总兵陈洪范、东江总兵黄龙以及义勇总兵刘泽清，均无力平寇，遂决定调山海关与宁远等地精锐进入山东平叛。

五月初九日，谕旨乃调关宁夷汉精锐五千人入关，由太监高起潜监军，总兵金国奇为帅，下辖靳国臣、祖大弼、祖宽、张韬、吴襄、吴三桂等将领，其中由投靠大明的女真夷丁军队战斗力异常强悍。

熟悉辽西军阀战力的东江军，在听说他们加入了平叛大军后，假意接受招呼，并要求登莱巡抚谢琏与莱州知府朱万年出城宣旨。

七月初七日，出城宣旨的知府朱万年被杀，巡抚谢琏被抓，从而要挟莱州城内军民献城投降，但遭到莱州军民拒绝。

七月初十日，山东巡抚朱大典与新任山东巡按谢三宾奉命都诸将进剿叛军，二十二日，陈有时在攻打平度时被杀。

二十三日，得知出城招安的登莱巡抚谢琏被抓，莱州知府朱万年被杀，震怒之下的崇祯帝将被逮入京师的孙元化与张焘两人弃市，主张招抚的兵部侍郎熊明遇解任听勘，刘宇烈拿解至京拷问。

八月十三日，朱大典等在昌邑誓师，合二万一千名马步兵，分三路向登莱进军。

十九日，两军在距莱州城五十里外的沙河发生激战，叛军大败东遁，莱州之围遂解。

此战虽胜，但杀敌不多，惟叛军撤回登州者亦不及十分之三，其余均乘机四散逃逸，在当时所掳获的兵籍簿上列有叛军共九万余人，知此乱的规模实非等闲。

而遭围城逾半年的莱州府城成功牵制了叛军主力，令其无法流窜它处。

八月二十日，李九成闻莱州兵败后，遂将软禁于登州的谢琏杀害。