他们此次西班牙之行的主要目标是承认乔安娜为阿斯图里亚斯公主（Princess of Asturias），因为一年前米格尔王子去世。

尽管遭到卡斯蒂利亚国会的反对，他们还是成功达成了目标，国会不愿为哈布斯堡的继承权创造先例。

1504年，乔安娜的母亲伊莎贝拉去世后，乔安娜成为卡斯蒂利亚女王。

查理在1503年才再次见到父亲，而母亲在1504年返回（在西班牙生下斐迪南后）。

西班牙大使古铁雷·戈麦斯·德·富恩萨利达（Gutierre Gómez de Fuensalida）报告称，菲利普常常探访查理，并且他们玩得很开心。

然而，菲利普和乔安娜的婚姻并不幸福，再加上乔安娜不稳定的精神状态，造成了困难，使孩子们与父母住在一起很不安全。

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菲利普于 1506 年被承认为卡斯蒂利亚国王。

他不久后就去世了，据说这一事件使精神不稳定的乔安娜彻底失常。

她被隔离在托尔德西利亚斯皇宫。

查理的祖父斐迪南二世以保护查理的权利为借口，控制了所有的西班牙王国，而实际上他想逃避。

斐迪南二世与乌苏拉·热尔曼（Germaine of Foix）的再婚未能生出特拉斯塔马拉（Trastámara）王位继承人，因此查理仍然是伊比利亚王国的法定继承人。

在父亲去世，母亲被囚禁的情况下，查理成为勃艮第公爵，并被公认为阿斯图里亚斯亲王（卡斯蒂利亚的推定继承人）和尊称大公（奥地利的明显继承人）。

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勃艮第的遗产包括哈布斯堡低地国家，这个地区由多个领地组成，涵盖了现代的比利时、荷兰和卢森堡，但不包括勃艮第本土，该地区于1477年被法国吞并，仅弗朗什孔泰（Franche-Comté）除外。

菲利普于1506年去世时，查理被认定为低地国家的领主，称为勃艮第的查理二世。