作为奥地利（Austria）、波希米亚（Bohemia）和皇家匈牙利的统治者，费迪南德采取了中央集权政策，与当时其他君主共同建设绝对君主制。

1527年，在即位不久后，他为自己的世袭领地发布了一部宪法（Hofstaatsordnung），并在普雷斯堡（Pressburg）为匈牙利建立了奥地利式的机构，在布拉格（Prague）为波希米亚设立了机构，在布雷斯劳（Breslau）为西里西亚（Silesia）设立了机构。

费迪南德能够为他的领地引入更统一的政府，同时加强对波希米亚财政的控制，波希米亚为他提供了一半的收入。

然而，这些政府基本上仍然相互独立。

奥地利人可以在波希米亚的行政机构中发展事业，但通常需要归化，除了一些皇家保护者，如弗洛里安·格里斯贝克（Florian Griespeck），而波希米亚人晋升到奥地利政府几乎是不可能的（与未来形成鲜明对比）。

作为一位选举产生的国王，他逐渐推动君主制走向世袭制，最终在费迪南德二世成为神圣罗马帝国皇帝时实现。

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1547年，波希米亚贵族因费迪南德下令波希米亚军队对德意志新教徒采取行动而反叛。

在镇压叛乱后，他通过限制波希米亚城市的特权并插入一批新的皇家官员以控制城市当局进行报复。

费迪南德是反宗教改革的支持者，并帮助领导天主教对他所视为新教主义异端浪潮的回应。

例如，在1551年，他邀请耶稣会士前往维也纳（Vienna），并在1556年邀请他们前往布拉格（Prague）。

最终，在1561年，费迪南德恢复了此前因新教徒成功而被解散的布拉格大主教区（Archdiocese of Prague）。

在奥斯曼帝国入侵匈牙利后，传统的匈牙利加冕城市塞凯什费赫尔瓦尔（Székesfehérvár）被奥斯曼帝国占领。

因此，在1536年，匈牙利饮食（Diet）决定在普雷斯堡（Pressburg）设立新的国王加冕地点及饮食会议地点。

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费迪南德建议匈牙利和波希米亚的饮食应共同召开会议并进行辩论，但所有各方均拒绝这一创新。

在匈牙利，君主制一直保持选举制，直到1627年（哈布斯堡王朝的女性继承权在1723年被承认），尽管费迪南德之后的国王总是哈布斯堡王朝的成员。

然而，奥地利、匈牙利和波希米亚之间形成了一种初步的联盟，基于共同的法律地位。

费迪南德有兴趣将波希米亚与帝国的管辖分开，并使波希米亚与帝国之间的联系更加松散（波希米亚不需要向帝国纳税）。

随着他获得波希米亚国王作为帝国王子-选帝侯的权利，他能够给予波希米亚（以及上卢萨蒂亚、下卢萨蒂亚、西里西亚和摩拉维亚等相关领土）与奥地利相同的特权地位，从而确认了他在帝国中的优越地位。

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