庆尚道左兵使李范，得知日军攻城，率庆尚道的援兵来到战场，在战场以东二十里处与原虎胤部遭遇双方激战三个时辰，李范战死，庆尚道士卒死伤大半，其余都逃散了

全州被攻打的同时，第二军继续进军，巡边使李湛驻守尚州，在城中召集了一千余名农民抵抗日军。为避免军队在城中全军覆没的教训，李湛在附近的小山丘上也布置了兵力。使者报称日军即将迫近城池，李湛以扰乱军心之罪，将其斩首号令，稳定了军心。

李湛遣人侦察日军的动向，但不幸的是，派出的侦察兵都被日军射杀。因此李湛完全无法得到有关日军的情报。

三月廿四，织田信长率日军到达尚州附近时，命足轻兵使用火绳枪对朝鲜军进行攻击，但随后发现弹药不足。此后又突袭朝鲜军的小山丘阵地。李湛据守山丘，下令射箭还击，但朝鲜军的弓箭射程太近，无法伤及日军。日军开始试图包围朝鲜军阵地，李湛自知必败，连忙上马，率部撤退。织田信长最终攻取尚州，向忠州方向进兵。

朝鲜国王明宗李峘急命左议政李梁为都元帅，坐镇王京汉城之内，节制全国兵马。又增设三道巡边使，由曾经和女真人作战的的名将北道兵马节度使申翰担任，负责庆尚、全罗和忠清三道防务。

申翰会合李湛于弹琴台。

3月28日真田幸隆率13680人向忠州和弹琴台进军。真田幸隆派城景茂、城昌茂监防忠州城动态，再与下方贞清、武藤舜秀、大熊长秀围攻申翰与李湛，此时朝鲜明宗已将全部的希望都放在申翰的身上。在申翰离开汉城的时候，宣祖把自己佩剑赐予了他，调动禁军，并招募了不少弓箭手。

申翰的部下建议在庆尚道和忠清道交界的要塞鸟岭遏制日军的进兵，但申翰认为驻守鸟岭无法遏制日军，因此拒绝采纳这个建议，决定在忠州附近的平原上交战。

在得知日军的迫近之后，申翰在忠州附近的弹琴台布置骑兵，背靠汉江，希望通过背水之阵来激励朝鲜骑兵的士气，而后使用骑兵迅速冲破日军的火绳枪阵地。但申翰忽略了朝鲜军装备落后、日军装备优良这一点。朝鲜军使用弓箭，而日军使用火绳枪，因此朝鲜军很难取胜。

28日，真田幸隆派城景茂、城昌茂率4800人偷袭忠州城。其余日军突袭弹琴台；

由真田幸隆率领10000人，对弹琴台的朝鲜军发起正面攻击；织田信长、森可成分别率领3000人，沿着汉江江岸对朝鲜军进行夹击。

真田幸隆的正面部队偃旗息鼓，其行迹被弹琴台的树木挡住，故而朝鲜军难以发现。等到朝鲜军发现时为时已晚，三路日军已对朝鲜军完成包围。

申翰下令朝鲜骑兵冲击日军阵地，许多日军士兵阵亡。三路日军使用火绳枪对朝鲜军进行猛烈射击，并使用太刀奋勇向前。朝鲜军战心顿失，许多朝鲜骑兵跳入汉江被溺死。申翰奋力杀出重围，逃往忠州城下，但发现忠州城已被日军占领，自感愧对明宗，便自杀身亡。

弹琴台之战，朝鲜军全军覆没，义州牧使金成贵、忠州牧使李宗昌与申翰战死。

忠州被日军攻陷，李湛逃往王京汉城报败讯，然而日军攻入稷山后，王京汉城已难以固守，朝鲜国王李峘在尹元衡等朝臣的建议下，放弃都城、出奔平壤。

在弹琴台之战后，朝鲜士气全无，朝鲜明宗从汉城逃往平壤。朝鲜军队将物资全部用船运往北岸，其余无法运送的尽数烧毁。又将船只全部聚集到北岸。