永元十四年（公元102年）春，烧何羌造反，被安定郡兵击灭，于是西海（青海湖）与大小榆谷之地不再有羌患。隃麋相曹凤上奏说，大小榆谷土地肥美，有西海鱼盐之利，应当在此重新设立西海郡县，划定区域广开屯田，隔绝羌胡交关之路，种植谷物开发边境。刘肇采纳了他的建议，修缮故西海郡，派金城郡西部都尉驻守西海郡，同时以曹凤接任金城郡西部都尉，驻兵龙耆城。于是东汉在青海湖一带广增屯田，沿河驻扎的兵营共三十四部。直到汉安帝永初年间诸羌造反，才被裁撤。[]

击破鲜卑、高句丽

永元十三年（公元101年）十一月，鲜卑进攻右北平郡，进入渔阳，被渔阳太守击破。[]

永兴元年（公元105年），高句丽太祖王高宫入辽东寇略，被辽东太守耿夔击破，其统帅亦被杀。[]

稳固南境

永元四年（公元92年）冬，溇中、澧中蛮潭戎等叛乱，燔烧邮亭，杀掠官民，郡兵将其击降[] 。永元五年（公元93年），武陵郡兵大破武陵蛮[] 。永元十三年（公元101年）十二月，巫蛮叛乱，攻南郡，永元十四年（公元102年）四月，刘肇派使者都督荆州兵迫降巫蛮[] 。

此外，永元十二年（公元100年）四月，日南郡象林县“蛮夷”二千余人寇掠百姓，燔烧官寺。郡县发兵讨击，斩其统帅，余众乃降。刘肇于永元十四年（公元102年）五月设置象林将兵长史，以防其患。[]

文化

续成汉书

刘肇得知班昭博古通今、学识过人，便下令班昭续写《汉书》，并允许她到皇家东观藏书阁内查阅史料，完成了中国第一部断代史《汉书》的编撰。[

兴办女学

刘肇多次召班昭入宫，为宫里的后妃讲学，后妃们敬仰她的学识，尊称她为“大家”。[] 其中，邓绥除了跟从班昭学习经书外，还兼修天文、算数。[]

定型汉字

刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便命贾逵修理旧文字，于是永元八年（公元96年）许慎采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，历经二十多年撰写《说文解字》一书[] ，直至汉安帝建光元年（公元121年）著成并献于朝廷[] 。《说文解字》号称世界第一部字典[] ，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远[] 。