与此同时，麦迪森·罗素，一位敏锐而坚定的年轻女性，通过深入分析前阿派克斯员工伯尼的广播线索，察觉到背后隐藏的复杂真相。

她向父亲马克·罗素提出深入调查的请求，但心中对哥斯拉怀有复杂情感的马克，却一度拒绝了这份提议。

面对父亲的犹豫，麦迪森没有放弃，她与志同道合的伙伴乔什携手，直接找到了伯尼，三人志同道合，誓要揭开这一切谜团，探寻隐藏在背后的真相。

林德博士与金刚一行历经艰难险阻，终于抵达了神秘的地下世界，不仅成功获取了强化机械哥斯拉所需的能量源泉，金刚更在这片古老之地寻得了其先祖的遗迹，以及一柄传承自远古的强大武器。

与此同时，麦迪森一行人凭借智慧与勇气，悄然潜入阿派克斯位于香港的总部，意外揭露了机械哥斯拉的真相，却不慎落入陷阱，三人不幸被捕。

就在这千钧一发之际，感知到地心深处异动的哥斯拉，以其无与伦比的力量，从海底深处发出震撼的原子吐息，穿透了地层，直击地心世界，其威力之强，震撼天地。

金刚目睹此景，怒不可遏，它利用哥斯拉开辟的通道，势如破竹般返回人类世界，誓要与哥斯拉一决高下。然而，尽管金刚英勇奋战，却终究难以匹敌哥斯拉的滔天威势，再次败下阵来。

在阿派克斯公司内部，西蒙斯总裁在认出麦迪森身份后，竟毫无顾忌地透露了自己的阴谋计划。

面对芹泽莲的竭力劝阻，西蒙斯却一意孤行，强行命令芹泽莲驾驶尚未稳定的机械哥斯拉出击。

然而失控的机械哥斯拉如同脱缰野马，最终导致了西蒙斯与芹泽莲的不幸牺牲。

机械哥斯拉的制作过程中，APEX公司利用了基多拉的DNA以及再生的骨架部分，特别是将基多拉的头骨部分植入了机械哥斯拉的身体中。

基多拉作为外星怪兽，其生命力远超普通怪兽，且其意识异常强大。尽管基多拉已死，但其头骨中仍然残留了部分意识。这部分意识在机械哥斯拉被激活后，开始影响并控制机械哥斯拉的行为，导致其失控。