而凌波丽由于人造人的本质，每天都需要浸泡在莉莉丝的LCL液体中确保身体的维持

所以为了处理水天使

也为了确保计划开始

他呼唤回了自己的儿子——真嗣

由于唯的提前操作

初号机就相当于唯本身

哪个母亲不爱自己的孩子呢？

真嗣顺利驾驶初号机处理了水天使

后面又调来了一个德国分布的EVA驾驶员——明日香

就这样

真嗣、明日香、凌波丽EVA三人组成立了

他们依次处理了后面许多使徒，产生了默契

真嗣和明日香因为相处还逐渐诞生了些许情愫

直到第十三使徒——霰天使

霰天使的本质是可以入侵其他eva机体并加以操控的特殊使徒。

而它入侵的机体是刚刚研发出来，由真嗣的好朋友驾驶的三号机

真嗣知道其中的是自己好朋友之后不愿将其击杀

但碇源堂执意要求他将其击杀

为此不惜使用傀儡系统(类似于人机代打)

强行操控真嗣驾驶初号机将其击杀

真嗣觉得自己亲手杀了自己的朋友而从此不愿驾驶EVA，离开了NERV。

剧情从这里开始发生分支。

原线剧情（动漫1-24+死与新生）：

第十四使徒来了

第十四使徒力天使拥有所有使徒中最强的at力场

明日香驾驶二号机败北

凌波丽为了人类抱着炸弹强行突破了它的at力场想要和它同归于尽

炸弹爆炸

但力天使仍旧没死

凌波丽的这个复制体，和真嗣、明日香相处了一段时间，由于唯的先天缘故对真嗣抱有特殊好感的复制体死亡

为了人类

真嗣不得不回归，驾驶初号机出战

初号机不敌

就在初号机的手臂被截断，即将被杀的时候

唯出手了

初号机暴走

将力天使击杀并吞噬了它的S2机关

使徒的S2机关作为它行动的核心，可以视作一枚小的生命果实

而人类的灵魂中蕴含有智慧果实

初号机的机体得自莉莉丝

蕴含有智慧果实

初号机得到补全

生命果实+智慧果实的补全

这个时候初号机已经可以视作一个小的了

seele见到这一幕之后意识到了情况失控

seele和碇源堂的目的都是人类补全

但前者要的是全人类的集合，是一个全人类在其中，没有谁为主，谁为辅的神

而碇源堂要的是自己作为主动，自己可以在其中重新见到唯的神

不过因为使徒尚未消灭，NERV作为对使徒机构，其中的EVA本身就是最强的武器

所以他们并未动手

后面出现了第十五天使——鸟天使

由于身处太空的缘故，nerv让明日香使用朗基努斯之枪将其击杀

失去了朗基努斯之枪的约束，莉莉丝下半身快速生长，形成腿部

但实际上这只是个幌子

朗基努斯之枪可以贯穿【AT力场】

seele之前对于碇源堂只是怀疑

但在朗基努斯之枪失去后，意识到了他的确跳反了

准备对其动手

明日香被其影响精神变成了植物人

零号机出手了

再度自爆

满门忠烈

seele见状派出了最后一个使徒

第一使徒亚当的灵魂体

第十七使徒、自由天使——诸熏

seele哄骗诸熏NERV的总部地下是他的身体

实际上亚当的身体早已被seele回归成了胎状，封存在树脂中。

又因为碇源堂的间谍的缘故

从seele中盗走落在了碇源堂的手中——他将其移植在了自己的掌心

自由天使循着使徒追寻第一使徒亚当的本能前来NERV

顺利通过了NERV后，他来到了NERV的最底层

但没有发现自己的身体

只发现了没有灵魂的第二使徒莉莉丝的身体

他意识到了seele在骗他

意识到了seele想要人类补全成神

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作为自由的天使

他选择将未来交给人类

在后续赶来的真嗣驾驶的补全后的初号机的袭击下——他自杀了

至此

除却第2、第18使徒全灭

seele立即翻脸

派遣部队想要在NERV跳反之前将其控制起来

但明日香突然苏醒

因为二号机是她母亲制作，在制作的时候混入了部分她母亲的灵魂，所以她驾驶二号机直接启动

打退了袭击的部队

seele见状派遣出十架装配了s2机关，复制品朗基努斯之枪的量产机出动

将二号机分尸击杀