计议已定，明军立刻行动起来。当夜，月光黯淡，海风呼啸。在正面阵地依旧不时响起的零星炮火和佯攻呐喊的掩护下，一队精心挑选出来的矿工出身、善于掘土的士兵，在赵士桢和几名格物院匠徒的指导下，从预先选定的出发阵地开始，奋力挖掘通向棱堡角下的壕沟。泥土被悄无声息地运走，加固，进展比预想的还要顺利。

然而，热兰遮城内的荷兰守军并非毫无察觉。总督揆一虽然因外援断绝而绝望，但困兽犹斗。他派出的哨兵发现了明军阵地的异常动向，尤其是夜间那些刻意压抑的声响和土方作业的痕迹。

“总督阁下，中国人可能在挖掘坑道！”一名军官紧张地报告。

揆一脸色阴沉，他深知棱堡最大的弱点之一就是怕被掘进爆破。“命令守军，加强对相关区域的监听！准备好应急小队，一旦确认坑道位置，随时准备出城突袭，破坏他们的作业！另外，在城内对应区域，也挖掘垂直深井，准备一旦侦测到坑道，就灌水或者对挖！”

攻防双方，在看不见的地下，展开了一场更为惊心动魄的较量。明军的坑道在夜色和佯攻的掩护下，如同顽强的根须，一寸寸地向棱堡脚下延伸。而荷军则竖起耳朵，贴着地面，或用简陋的听音瓮，紧张地捕捉着地下的任何异响。

终于，在坑道掘进的第三夜，意外发生了。一名荷兰士兵似乎听到了脚下隐约的镐头敲击声。消息立刻报给了揆一。

“果然来了！”揆一眼中闪过一丝狠厉，“集合突击队！带上炸药和工具，从侧门悄悄出去，找到他们的坑道口，炸掉它！”

一支约五十人的荷兰突击队，趁着黎明前最黑暗的时刻，悄然溜出棱堡的一座侧门，借助地形掩护，向明军坑道作业的大致区域摸去。他们运气不错，很快发现了一处新鲜的土堆和伪装网下的坑道入口！

就在荷兰人心中狂喜，准备安置炸药时，突然，侧面黑暗中传来一声冷冽的喝令：“放！”

“砰！砰！砰！”

一排密集的燧发枪子弹从预先设伏的明军散兵线中射出！几名荷兰士兵应声倒地。原来，吴志良和赵士桢早就料到可能被发现，不仅在坑道入口附近安排了精锐护卫，更在外围设置了暗哨和伏兵！

“有埋伏！快撤！”荷兰突击队长惊恐大喊。

但为时已晚。更多的明军从四周包围上来，燧发枪射击声、手榴弹（震天雷）的爆炸声和双方的呐喊厮杀声响成一片。这场小规模的夜间遭遇战短暂而激烈，试图破坏坑道的荷兰突击队几乎全军覆没，只有寥寥数人带伤逃回城内。

经此一役，荷军再也无力出城干扰明军的坑道作业。揆一只能绝望地命令城内加紧向内挖掘深井，希望能侥幸拦截或灌水，但这更像是绝望的挣扎。

五日后，一条深度、走向均经过精确计算的坑道，终于成功挖掘至棱堡一个关键棱角的正下方。赵士桢亲自带着匠徒，进入狭窄、潮湿、充满土腥味的坑道最深处，指挥士兵小心翼翼地扩挖出药室，然后将一箱箱油纸包裹的“破垒火药”整齐码放进去，接上长长的缓燃引信。

一切准备就绪，所有人员撤离。