第二部分：格物初探。 这是重中之重，也是最具挑战的部分。他摒弃了现代的物理学术语，完全采用古已有之的概念进行阐发：

· 力学篇： 从“力”的概念开始，讲述力的作用效果，引入“杠杆”（权衡）、“滑轮”（辘轳）、“斜面”、“浮力”（舟船之理）等简单机械原理，并结合曲辕犁、汲水工具等实际案例进行分析。核心是灌输“能量守恒”、“作用力与反作用力”的朴素思想，但避免使用这些术语。

· 热学篇： 解释“热”是一种能量（称之为“火气”或“温邪”之功），讲述热传递（传导、对流、辐射，用冬日暖炕、夏日持冰举例），以及气体受热膨胀（孔明灯、风箱原理）等现象。

· 光学篇： 阐述光的直线传播（小孔成像），光的反射（镜鉴成像），光的折射（池鱼看起来变浅），以及颜色的初步概念（棱镜分光暂时不提，只言雨后彩虹乃日光被水珠分散所致）。

· 磁学篇： 介绍天然磁石（慈石）的特性，指南针（司南）的原理与应用。

第三部分：万物识略。 这部分更偏向于基础化学和生物学的启蒙，但完全去除了分子原子理论。

· 物质变化： 区分物理变化（研磨、溶解）与化学变化（燃烧、生锈、发酵），强调一些物质在一定条件下可以相互转化的思想。

· 空气与水： 阐述空气存在，空气助燃，水之三态循环。

· 生物常识： 简述植物生长所需，动物分类浅说，人体基本结构与功能。

第四部分：致用之术。 这是将前面知识与实际结合的部分，也是最能体现新学价值的地方。