英迪拉继任总理后，起初由于缺乏执政经验，她颇为小心谨慎，显得魄力不足。但英迪拉善于在实践中学习，积累经验，很快她处理问题的能力就显示出来，雷厉风行和果断成了她办事的风格。英迪拉就任头一年，政绩斐然。国大党内那些对她的能力抱怀疑态度的人，也对她增加了信任感。而以为这个年轻的女总理好驾驭的辛迪加派，对她初步显露出的才华感到吃惊，对其办事锋芒的锐利颇有疑惧。党内外尽管对她的政策的评价褒贬不一，但对她具有政府领导人的才能则很少人再怀疑。
1967年2月，在印度第4届人民院的选举中，英迪拉在国大党面临着极大困难的情况下，领导本党取得了胜利，由她组成了新一届政府。然而，踌躇满志的英迪拉却不得不与党内的辛迪加派和右翼保守势力周旋乃至摊牌，她渴望在执政党中建立起自己不可动摇的、至高无上的地位，她不想向任何人妥协，国大党的分裂在所难免。
1969年5月总统扎基尔·侯赛因去世。总统人选空缺后，英迪拉与辛迪加派的斗争达到了白热化。在总统选举时，作为党的领袖，英迪拉没有支持本党的候选人雷迪，转而支持现任副总统瓦拉哈吉里·文卡塔·吉里作为独立候选人竞选，结果，吉里当选。英迪拉大获全胜。
四、内外政策
1、对外事务
英迪拉上台时，第二次印巴战争刚刚结束，但两国间的敌意没有丝毫的减弱，而印度与中国存在漫长的边界纠纷，以及1962年印度在中印边界战争失败的阴影，都困扰着她。
从地缘政治和国防安全的角度来看，印度为了确保在南亚的霸权地位，就必须打击、削弱巴基斯坦，使其不能成为它的安全威胁。然而，根据当时的地理形势，印度被东巴基斯坦（今孟加拉国）和西巴基斯坦（今巴基斯坦）夹在中间，而且巴基斯坦又积极参加美国筹建的东南亚条约组织和巴格达条约组织，以应对印度的威胁。英迪拉上台正是关于第二次印巴战争的《塔什干协议》签署之际。尽管双方同意用和平的手段解决争端，但彼此的真实想法都心照不宣。
面对这样的周边国际形势，英迪拉打出反华的旗帜，使美苏竞相援助印度，而苏联更是不遗余力。印度在东西方两大阵营的对抗中，实行的是左右逢源的政策，既不得罪美国，又要紧靠苏联，以至于英迪拉自己也看到，"在许多情况下，我们支持西方国家。这时东方集团就批评我们，说我们脆弱。同样地，在我们支持苏联的时候，或者说，在我们可能更多地支持亚非集团国家的时候，西方世界就攻击我们。"尽管如此，英迪拉的外交政策有其成功之处。她在大力加强印苏关系的同时，保持了与美国的正常联系。此外，还利用印度在不结盟运动中的崇高地位，积极拓宽在亚非国家中的外交关系，又利用印苏建立的特殊关系，牵制了巴基斯坦。
此时，巴基斯坦国内正陷于分裂。当时巴基斯坦大部分的政府官员、军队长官都是西巴基斯坦人，这一状况引起了不少东巴基斯坦孟加拉人的不满。1966年，东巴基斯坦成立了人民联盟要求实行联邦制，令东巴能得到自治权利以及经济独立。在1970年的巴基斯坦大选中，人民联盟获得大胜，并于翌年与总统会谈要求自治但遭到拒绝。1971年3月25日巴基斯坦总统叶海亚·汗颁布了军事管制条例，将人民联盟的骨干成员逮捕，引起东巴基斯坦人的强烈反对。由于大批东巴基斯坦的孟加拉人涌入印度国境避难，英迪拉政府遂以此为契机通过了协助东巴基斯坦分离分子的决议，于1971年4月开始对西巴展开零散的攻击，并于同年11月21日展开大规模进攻。12月16日，陆军总参谋长萨姆·马内克肖指挥印军战胜了驻守东巴基斯坦的守军，身为总理的英迪拉宣布于翌日停火，第三次印巴战争随之结束。及后，东巴基斯坦在印度协助下独立，建立孟加拉国。
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肢解巴基斯坦的成功，使英迪拉一时间成为印度的“民族英雄”，印度国内出现了一股热的“英迪拉浪潮”。正因如此，她摆脱了执政初期信心不足的精神状态，开始大刀阔斧地展开经济政策的调整。
2、内政事务
英迪拉上台后，继承了前任夏斯特里的政策，停止执行第四个五年计划，转而实行三个经济年度计划，改善印度经济的形势。随后开启第四个五年计划。英迪拉执政期间，印度国民收入开始增长，农业生产稳定上升，供应状况得以改善。
经过1960年代的农业改革以及政府资助的投入，印度由长期粮食短缺转变为粮食出口国，亦令商业作物更多元化，这次改革亦被称为“绿色革命”。与此同时，被称为“白色革命”的向学童提供牛奶的计划也有效地解决了营养不良问题。
英迪拉时期，印度科学技术发展所取得的成就更是引人瞩目，其在航空、航天、原子能等领域均取得较大的成就。其中最具代表性的事件便是印度核试验的开展。英迪拉政府判断中国的核武器发展将对印度构成威胁，以及认为美苏两个超级大国并无意促成印度的稳定，故加速了本国的核发展。1974年，印度成功在拉贾斯坦邦的博克拉进行一次不公开的核试验，此次核试验的非官方代号为“微笑的佛祖”。虽然这次核试是被形容为以和平为目的，但毫无疑问地印度在当时已成为新晋的、世界第六个核国家。这次举动亦导致了日后巴基斯坦的核发展。
然而，在工业生产领域，英迪拉面临的挑战极为严峻。工业部门特别是国营企业效率低下。经济发展资金紧张，能源短缺，交通运输滞后等阻碍经济发展的问题依然存在。英迪拉政府调整经济发展战略，虽在一定程度上扭转了重工业占用投资过多的局面，但又不可能完全停止对在建重点项目的开支，积重难返，并不是通过经济政策的调整就能完全解决的。这一问题也是导致她1977年下台的原因之一。
五、紧急状态
英迪拉政府在1971年大选获胜后开始面临重大考验。官僚主义及贪污等都令国家的经济和管理出现危机。同时，有人指责英迪拉实施独裁统治。看起来，在与辛迪加派和德赛的争斗中，她占了上风，但是，党内矛盾和积怨却越发深厚了。辛迪加派和德赛不肯就此罢手，他们利用其在国大党工作委员会中的微弱优势，对英迪拉实行制裁，1969年11月2日他们宣布英迪拉被开除党籍，同时，要求国大党议会党团重新选举领袖，一心要把她从总理位置上拉下来。国大党议会党团的280人中的220却投票支持英迪拉，其余62人却分裂出去另组国大党组织派，这次分裂不仅党元气大伤，还造成了整个国家人们观点上的不一致和政治倾向的转变。
同时，英迪拉为巩固自己的权力地位，变得更加强硬和专横，政策也更加趋于激进。党内民主越来越缺乏了，而党内专制的传统却用到了极限。
另外，英迪拉的政敌亦宣称她在1971年的大选中舞弊。在1975年6月，安拉阿巴德的印度最高法院发现英迪拉在大选期间派一个公务员在自己的竞选阵营里服务。从技术角度来讲，该次选举应该作废。所以法院裁定她要退位并在未来6年中禁止参加选举。
纵然当时的议会被认为是于黑幕之下运作，但却这次是首次有法院对贪污下达了裁判。英迪拉固然提出上诉，但她的政敌却咄咄逼人要求她辞职。他们在全国发起示威，示威后期演变成骚乱。人民党则劝喻警方如果被要求开枪镇压时不要执行。公众的不满、艰难的经济环境、以及反应迟钝的政府令印度的时局愈演愈烈。其后，一场巨大的集会包围了议会和英迪拉的居所，要求她下台。
英迪拉随即要求支持她的总统法赫鲁丁·阿里·艾哈迈德颁布国家进入紧急状态。在确保了国家紧急状态的实行后，她下令警察和军队镇压示威和骚乱，并下令逮捕敌对政权的领导层，而这些被逮捕的人士当中，有很多都是在独立前曾反抗英国而下狱的斗士。在所有印刷媒体在被新闻广播部长所控制的情况下，警察从而亦获得了无限的权力和拨款。大选则被无限期延后，所有非执政党控制下的地方政府都被解散。印度的街头小巷贴满了英迪拉的肖像，上面写着“英迪拉就是印度，印度就是英迪拉”。