通过此次案件，朱厚照成功地试探了文官集团、勋贵集团乃至后宫（通过张太后）的底线和反应模式，为日后更复杂的政治博弈积累了经验。他也借此机会，将文贵、王琼、林俊等能吏干臣推到了更重要的位置，并初步建立了西苑豹房这个人才储备和智库。

但局限同样明显：

第一， 深度不足。

案件最终止步于张鹤龄兄弟，虽然惩戒了外戚，但并未（也可能无法）更深地追究其背后可能存在的、更庞大的勋贵网络。对江南根深蒂固的利益集团，更是鞭长莫及，只能依靠文贵后续逐步整顿、点灯引火。

第二， 制度未立。

铲除了一些贪官，但滋生贪腐的体制机制并未改变。旧的利益链条被打断，新的利益集团很可能在压力下以更隐蔽的方式重新形成。缺乏系统性的财政审计、独立的监督机构和透明的运作流程，贪腐问题难以根除。

第三， 隐患犹存。

江南地区的潜流涌动，说明矛盾只是被暂时压制，并未解决。一旦朝廷施加的压力稍有松懈，或者遇到天灾人祸，积累的矛盾很可能以更激烈的方式爆发出来。

后世一些史料中提到的清代“闹漕”案，就是前车之鉴。

“任重而道远啊…”朱厚照轻轻吐出一口气。

他仿佛能看到，在运河的尽头，那些富庶的江南州府，无数双眼睛正警惕地注视着北方，注视着紫禁城。

他们中有惶惶不可终日的既得利益者，也有饱受“浮收” 之苦、期待朝廷真正革除弊政的普通百姓和中小地主。

他知道，接下来文贵在南方面临的，将是一场比在通州更复杂、更艰难的战役。

那不仅仅是查案，更是要与整个江南的官场生态、士绅力量乃至漕帮组织进行博弈。

黄仁宇先生所着《万历十五年》中提到的明代中后期漕运“派兑”改革中展现的官、军、民（豪强）之间的复杂矛盾，在正德年间同样存在，甚至可能更为尖锐。