随着新计划的逐步推进，林羽和他的团队面临着一系列严峻的挑战。

资源短缺是首要难题。尽管他们在神秘建筑中有了重大发现，但将这些发现转化为实际成果需要大量的资源支持。构建能源网络所需的特殊晶体、打造防御设施的稀有金属以及开展科研项目的精密仪器等资源都极度匮乏。各个基地在末日危机中资源储备本就有限，如今大规模实施新计划，资源的消耗速度远超预期。

“队长，我们按照计划扩大能源网络建设，但晶体的产量远远跟不上需求。现有的矿源已经过度开采，短期内难以找到新的供应渠道。” 负责资源调配的队员满脸忧虑地向林羽汇报。

林羽皱起眉头，思考片刻后说道：“组织勘探队，对周边更广阔的区域进行搜索。同时，研究是否有办法提高现有晶体矿的开采效率和提炼纯度。”

技术难题也接踵而至。新计划中的许多技术都是基于神秘建筑的发现，然而这些古老而先进的技术原理复杂，与现有的科技体系融合并非易事。例如，在构建能量护盾的过程中，如何确保护盾在抵御强大攻击的同时保持稳定的能量供应，以及如何实现护盾与其他防御设施的无缝衔接，成为了困扰科研人员的关键问题。

“这个能量转换机制的参数总是不稳定，一旦投入实战，护盾很可能在短时间内崩溃。” 科研室里，一位专家看着满屏的数据，无奈地摇头。

林羽来到科研室，鼓励大家说：“不要灰心，我们从神秘建筑中获取的信息还不够完整。大家重新梳理思路，从基础原理出发，结合我们已有的技术经验进行创新。”

不同基地之间的协调合作也存在诸多障碍。每个基地都有自己的管理体系和利益考量，在资源分配、技术共享和任务分工等方面容易产生分歧。一些基地担心自己在新计划中的贡献得不到相应的回报，或者在合作中泄露核心技术，因此对合作持谨慎态度。

“林羽队长，我们基地在资源输出上已经做出了很大的牺牲，但在技术引进方面却没有得到足够的支持。如果这种情况继续下去，我们很难继续参与合作。” 在一次基地联盟会议上，一位基地负责人直言不讳地表达了自己的不满。

林羽深知协调各方利益的重要性，他耐心地解释道：“新计划的成功实施离不开每个基地的努力。我们会建立更加公平、透明的合作机制，确保每个基地的付出都能得到合理的回报。同时，技术共享是为了共同应对末日危机，只有团结一心，我们才能有更大的胜算。”

此外，新计划的实施还受到外部环境的威胁。黑暗势力察觉到了人类的行动，开始频繁发动攻击，试图破坏新计划的推进。他们不仅袭击资源运输队伍，还对正在建设的能源设施和防御工事进行破坏。

“队长，我们的运输队在途中遭遇黑暗势力的伏击，损失惨重。晶体和设备都被抢走了一部分。” 负责运输安全的队员匆匆赶来报告。

林羽握紧拳头，眼神坚定地说：“加强运输队的武装护卫，同时建立情报网络，提前掌握黑暗势力的行动轨迹。我们不能让他们得逞。”

面对这些重重挑战，林羽和他的团队没有退缩。他们积极寻找解决方案，不断调整策略。一方面，加强与各个基地的沟通交流，增进彼此的信任和理解；另一方面，加大科研投入，组织精英力量攻克技术难题；同时，强化军事防御，组建专门的对抗黑暗势力的部队，保护新计划的实施。

在资源短缺问题上，他们开始探索资源回收再利用技术，以及寻找替代材料。科研人员经过无数次试验，发现一种常见的矿物质经过特殊处理后，可以在一定程度上替代稀缺的晶体，虽然性能略有差异，但能够满足现阶段的部分需求。

针对技术难题，他们成立了跨基地的科研协作小组，汇聚各方智慧。通过不断地模拟实验和数据分析，逐渐找到了能量护盾不稳定问题的解决方案。他们优化了能量转换算法，改进了护盾发生器的结构设计，使得护盾的稳定性大大提高。

为了协调基地间的合作关系，林羽提议建立一个基地联盟委员会，由各基地推选代表组成。委员会负责制定统一的合作规则、资源分配方案和技术共享机制，定期召开会议，解决合作过程中出现的问题。这一举措有效地缓解了基地间的矛盾，增强了合作的凝聚力。

在应对黑暗势力的威胁方面，他们加强了情报收集工作，与一些中立的海洋生物达成合作协议，借助它们的感知能力提前预警黑暗势力的袭击。同时，组建了快速反应部队，配备了新型武器装备，对黑暗势力的攻击进行坚决反击。

尽管新计划实施的道路充满坎坷，但林羽和他的团队凭借着坚定的信念、顽强的毅力和卓越的智慧，在困境中不断前行，努力为人类的未来开辟出一条希望之路。他们深知，只有克服这些挑战，才能实现拯救人类的伟大目标。

随着时间的推移，一些挑战逐渐得到缓解，但新的问题又不断涌现。例如，在资源回收再利用过程中，发现部分回收材料存在潜在的能量泄漏风险；新成立的科研协作小组在技术研发方向上出现了分歧；基地联盟委员会在执行决策时遇到了部分基地的抵制等。然而，林羽始终保持着乐观积极的态度，他相信只要大家团结一致，就没有克服不了的困难。他不断地穿梭于各个基地之间，协调矛盾、解决问题，激励着团队成员勇往直前。在他的带领下，人类在末日危机的黑暗中顽强地追寻着那一丝曙光，新计划也在艰难中持续推进，为人类的未来带来了新的希望。

随着新计划的逐步推进，林羽和他的团队面临着一系列严峻的挑战。