所以，东罗马皇帝马尔西安召集了东西罗马各地的基督教会到今天土耳其境内的迦克敦开会，试图弥合各方的分歧。
最后这个会议确定了“基督的神人二性”这个基督教的核心教义，但参加会议的几个东方教会，主要是埃及科普特教会和亚美尼亚教会却拒绝接受这个定义，因此在此后与西方各个教会分道扬镳。
而在此之后，这个在迦克敦举行的会议被西方教会视为奠定基督教基本教义最重要的历史会议之一。
但东方教会却将其称为“恶兆迦克敦”，认为它召开的目的就是强迫东方正教会向罗马教皇效忠，而且是出于政治目的，也开了基督教徒迫害基督教徒的恶劣先河，而这种分歧直到今天仍然存在，东方正教会虽然势力极其弱小，但仍然没有和西方教会重新合流。
基督教历史上最具有标志性的一次分裂发生在公元1054年。
在这一年，东正教和天主教的分裂正式形成。
这次分裂的原因，其实可以追溯到东西罗马的分裂，以及西罗马帝国的灭亡。
西罗马帝国灭亡之后，日耳曼人成了西欧地区的政治主宰，东罗马帝国则以希腊文化为主，双方之间的文化分歧越来越大。
而按理说，在西罗马帝国灭亡之后，作为罗马帝国国教传遍欧洲北非的基督教重心本应向东罗马帝国倾斜。
其实，那时迦克敦会议上已经做出了类似决定，将东罗马首都君士坦丁堡主教提高到了和罗马教皇同等的地位。
但罗马教皇始终拒绝接受这个决定，东罗马帝国境内的各个教会也拒绝认可罗马教皇地位比自己高。
而这一点就是双方再次分裂最基本的根源。
也就是说，西欧教会其实更像是一个中央集权的国家，罗马教皇的权威高于其它所有教会，整个天主教体系里的教会在信仰上都归罗马教廷领导，教徒也都向罗马教廷效忠。
而东正教的体系则更像是一个联邦制的国家，不同地区的不同教会彼此拥有一定独立性，同时没有哪个地区教会的地位高于其它地区的教会。
当然这只是一个类比，实际的情况要复杂很多。