因此，司马迁之所以不敢将黄帝的事迹和思想完全表达出来，肯定汉朝统治者认为黄帝及华夏族崛起上位的历史事实，有损华夏族的声誉；有损西汉社会的民族融合及团结；不利于西汉社会价值观、道德体系和规范的建设。但是，司马迁在《史记》上留下的历史线索，足够让我们还原当时黄帝及华夏族经历的历史事实。一下是我们本着客观、科学、中立和公正的态度还原的华夏历史。
在距今4300年前，当小冰河期使东亚大陆北方变得越来越寒冷和干旱时，由于北方居民大量南迁逃难，今陕北神木市高家堡镇石峁村的石峁王城（经过科学研究，我们认为石峁王城是华夏族最早的部落总部基地）开始变得一片荒凉，华夏族年幼的公孙轩辕跟随父王少典及母后等，他们将跟随最后一批南迁的华夏族朝廷官员、卫队和军队，告别华夏族石峁王城，踏上南征四川的艰难之路。
此后，幼小的轩辕跟随父王少典及华夏族勇士们在四川地区避难、拼搏、创建伟业。
根据《世纪》记载，轩辕从小天资神灵聪明，思想敏锐，能言善辩。长成后，轩辕应该继承王位成为华夏族的首领，他当政时，正赶上古蜀国的统治者及阶层神农氏集团衰败，古国各地群雄并起、战事频繁、民不聊生的动荡年代（这是由于从北方及高原地区进入四川盆地的难民，与当地人民和官府争夺生活物资及自然资源而引发的冲突和战争）。
为了本族的生存及发展，轩辕训练和整顿本族军队，去征讨那些不向朝廷纳贡称臣的部族，轩辕及华夏族的征讨行动得到古蜀国诸侯贵族们的响应、支持和归附。在这次征讨战争中，轩辕遇到了强劲的对手蚩尤，蚩尤生性暴虐凶猛。在古越语中，蚩chi是黄牛和牛车，尤you是具有自由身份的男人，直译的意思是“乘坐牛车的男帅”，在母系氏族社会里，能够乘坐牛车出行的只有贵族首领和使官，因此这个解释与现代人对蚩尤形象的描述一致，蚩尤是一个牛头人身的战神，当然，蚩尤chiyou连读能读成瑶、姚、犹you/jew（这是犹太人的中英文简称）。
在平定叛乱的过程中，轩辕的另一个强劲对手是炎帝。当时炎帝准备要要从湖北宜昌（古称夷陵）侵略蜀地，讨伐蜀地的诸侯贵族，于是诸侯贵族都归顺具有军事实力的轩辕。于是轩辕组织强大军队，与炎帝在“板泉之野”决战，经过三次战役后，轩辕与炎帝打成平手，最终握手言和，到达了维护轩辕在蜀地的统治地位，同时华夏族承认炎帝在湖北地区统治权。
随后，蚩尤作乱，不服从“帝”的命令和管制，于是轩辕受命于帝，征招诸侯联军讨伐蚩尤。轩辕诸侯联军与蚩尤集团军在“涿鹿之野”决战，蚩尤集团军被消灭，蚩尤被擒获，剥皮示众，残忍杀害。
此后，诸侯开始称呼轩辕为“天子”，拥护轩辕取代神农氏称帝即黄帝。轩辕称帝后，天下有不顺从的反叛者，黄帝带兵去征讨他们。平定完这里，又去那里平定。因此黄帝只能“披山通道，未尝宁居”。
最后，黄帝统治疆土东到大海；西到“空桐”；南到江水；北到“荤粥”。国土稳定之后，黄帝和华夏族过着迁徙不定、居无定所的流浪生活，黄帝设立营卫和朝廷管理国家。
黄帝固定行宫在“轩辕之丘”，他娶了西陵之女“嫘祖”为正妃，嫘祖生了两个儿子，一个是玄嚣即青阳，长成后他居住在江水之滨；另一个是昌意，长成后他居住在若水之滨。昌意娶蜀山氏之女昌仆为正妃，昌仆生高阳。
黄帝驾崩后，他葬在桥山。黄帝的孙子、昌意的儿子高阳立为帝，就是“五帝”之一的颛顼帝。
这就是轩辕黄帝一生主要故事梗概，看过黄帝的生平故事，难免有诸多困惑和疑问。我们要检查一个故事的真伪，我们必须从故事的五大要素即故事的起因、时间、地点、人物和事件。
这个故事就是讲述黄帝和华夏族崛起的故事，帝王崛起最合理的原因肯定是“朝廷腐败、天下大乱、民不聊生”，《史记》是这样表达的，而我们分析是，小冰河期爆发后，北方及高原民族迁徙到四川盆地，面对突发事件，循规蹈矩的保守的古蜀国朝廷和衙门对入侵流民进行管制、分流和安置，在这些过程中，肯定出现冲突、混乱、腐败和战争，然后天下大乱、民不聊生。这个事件过程以《五帝本纪》叙述历史过程基本一致。
《史记》没有设定这个历史故事发生的时间，根据那次小冰河期发生的时间，这个故事应该发生在距今4300年至距今4100年之间。
《史记.五帝本纪》设定的故事地点，大多以黄河流域，冀州平原有关，但是地名含糊，地理跨度大，一会儿将黄河流域的事情，一会儿事情有跳到长江流域；一会儿地理背景是平原和荒漠，一会儿又是青山绿水、山峦险峻之地。让读者感觉黄帝及其军队都是神仙，有高速度飞行能力，让读者有阅读神话的感觉。司马迁要把文章写成样子，都是为了满足汉朝统治阶层的文化价值需求。
但是通过仔细分析，司马迁给我们留下故事框架，我们仍然能推论和认定黄帝的生平故事发生在四川地区，黄帝和华夏族经常活动的地方如江水、若水等河流地区，江水就是今天的长江，四川南部就是长江，顺江东下可达长江中下游等中国富裕之地；若水即今天的雅砻江，若水与金沙江合流后的一段，古时亦称若水，这里是四川盆地进入青藏高原地区交通要道。黄帝征战时要“披山通路”行军在非常险峻山区，这种地形与四川地区的地形相符，但于冀州平原地形地貌无关。黄帝娶正妃于西陵，西陵就是长江三峡中的西陵峡，它位于今天的宜昌地区，这里是神农氏的故土，因此嫘祖很有可能是神农氏的嫡系公主，在母系氏族时代，娶具有神权和王权的嫡系公主才能扶正父族的正统地位，因此黄帝才会娶嫘祖为正妃，这是典型的政治联姻。
证明黄帝故事发生在四川地区的另外一个证据是，黄帝的战争对手——炎帝。如果黄帝故事发生在冀州平原，黄帝如何带领华夏军和同盟军长途跋涉几千公里，去攻打深居中国南甚至长江以南地区的炎帝及其军队？在那个只能乘坐牛车和徒步行军的远古时代，这样劳师远征、旷日持久的战争能打吗？在距今4000多年前，两群相隔几千公里的古人能有什么你死我活的深仇大恨？！既然没有利益冲突和深仇大恨，他们为什么要打一场大家在情报、物流、行军、宿营、战争策划、指挥和战斗等都办不好的战争。要使这个故事变得合情合理，黄帝和炎帝争端故事只能发生在四川及其周边地区。黄帝与炎帝在板泉之野决战，在古越族“板泉ba
qua
”中“板ba
”是村庄、城市的意思，“泉qua
”与“仙xia
”同音是女性、圣母的意思，板泉的直译是圣城。
根据远古历史文献记载，炎帝统治着今湖北、湖南等洞庭湖及湘江流域地区，炎帝是神农氏的族亲和靠山，而神农氏认为黄帝联合古蜀国诸侯贵族将神农氏集团势力赶出四川，是大逆不道的行为，因此，神农氏的君王才邀请炎帝出头，帮助神农氏集团打击蜀国诸侯及黄帝。最后，黄帝带领蜀国诸侯联军出西陵峡，在今湖北腹地与炎帝的古越族联军展开旷日持久的拉锯战。