朱允炆即位，征召他为翰林侍讲学士，担任《太祖实录》《类要》等典籍修撰总裁官。燕王朱棣起兵南下，朝廷一任诏令、檄文都出自他的手笔。
应天城破之前，朱棣座下第一军事参谋姚广孝曾提前为他求情；“方孝孺一定不会投降，请不要杀他。杀了他，天下的读书种子就灭绝了。”朱棣点头应允。
因为姚广孝，方孝孺成为中国历史上第一个被誉为读书种子的人。因为朱棣，他成为中国历史上唯一一个被诛十族的人。
起因是朱棣将他召到朝廷，想要他起草即位诏书。以方孝孺的名声威望，他若拥护朱棣登基，朱棣可以少操很多心。
方孝孺趁机与朱棣当廷展开了一轮唇枪舌战。
重回朝堂的方孝孺涕泪交流。朱棣为示敬重，走下龙椅温言相劝：“先生无需忧苦，我不过想要仿效周公辅佐成王。”这句话，朱棣已经说过不止一次。反正建文帝生死未卜，他想怎么说都行。
方孝孺反唇相讥：“周成王在哪里？”这个反问句，练子宁用血写出来过。
朱棣回答说他已自焚而死。
方孝孺继续追问：为什么不立成王的儿子？
朱棣想了想，说：国家有赖于成年的君王。
方孝孺又问：为什么不立成王的弟弟？
朱棣哑然，忍怒答道：这是我们朱家的事。
他回头命侍从拿来纸笔，请方孝孺起草诏书传告天下。方孝孺掷笔于地，边哭边骂，他情愿一死，绝不起草诏书。
朱棣怒气勃发，威胁道：你就不怕我诛你九族吗？
在古代，最严厉的刑罚也就是灭九族了。九族包括父族四：自己一族、姑母及其儿子一族、出嫁的姐妹及外甥一族、出嫁的女儿及外孙一族；母族三：外祖父一家、外祖母的娘家、姨母及其儿子一家；妻族二：岳父一家、岳母的娘家。
方孝孺蹦了起来骂道：就算灭十族又何妨？
怒不可遏的朱棣发明了第十族。他把方孝孺的朋友和门生们合列一族，为第十族。