这次大辩论，起于艾儒略与儒士黄贞于福建漳州的辩难。黄贞随后即自闽至浙，遍请儒士禅师，对耶稣会进行教义批判。这些批判文献，最后汇集为《破邪集》。

在杭州进行的两教辩难始于崇祯八年三月，黄贞造访宁bo天童寺禅师密云圆悟，圆悟遂写下《辨天初说》，jiao由禅师唯一普润于杭州张榜公布。天主教会方面未对此举有过回应。

已圆寂的高僧云栖（莲池）和尚的弟子张活（广字辈）遂于八月持《辨天初说》至杭州观巷天主教堂，将《初说》jiao予耶稣会士傅泛际。

然而根据《辨天二说》的记述，耶稣会士并未回应此次辩难。于是圆悟于九月写下《辨天二说》，继续在杭州张榜公布。教会方面继续避战，只有部分奉教儒士以云栖和尚生前所作《天说》辩难利玛窦而失败为理由回绝论战。

随后，圆悟和尚再作《辨天三说》，而张恬则根据教会发布的传教文献《辨学遗牍》考证出，昔日作《循莲池大和尚竹窗天况四端》者并非利玛窦。而在福建刻本《辨学遗牍》则有“弥格子”（御史杨廷筠之教名）之序言，该序言中，杨廷筠编造了云栖和尚临终向上帝忤悔的故事。

于是，张粘作《证妄说》再次攻击天主教会。

在这场围攻中，天主教一直处于避战的地位，采取了不参与辩论的龟缩政策。尽管教会中的一些奉教儒企图进行反击，但是教会的首脑人物始终坚持不回应不辩论的方式这大约是吸收了南京教案中的某些教训。做出一副“清者自清”的mo样来。

事实证明教会的这一策略是有效的，因为很快就有非佛教徒的普通儒士站出来指责佛教徒：“云栖弘济利生之德，昭如日丽中天，人孰得而掩之？彼诬谤者徒自诬耳，何足以损其光明哉！胡不闻古德云：“一切是非莫辨之，说耶，子乌用是喋喋也？”

很显然，天主教会采取的退让政策，将自己打扮成了受害者的形象，使弱小的杭州教会免于受到进一步冲击，最后安然度过了危机。

“现在可只有崇祯四年。”赵引弓提醒他。要等到崇祯八年，说不定形式已经发生了大变化。

“你听我说下去。”张应宸象卖关子一样，继续说道“明末的儒士大多有“逃禅之癖”以回避社会现实。所以禅宗势力很大。

宁bo、杭州、嘉兴等地区这一带又是禅宗临济派的主要活动地区。我们新道教的传播会非常的困难。要知道这些佛教徒对道教的态度也不怎么样，我现在挤进去传教，恐怕不会比天主教传教容易。你们知道成熟市场里抢顾客有多难吗？”众人点头，新道教能在琼州取得很大业绩，无非就是钻黎区没有成熟宗教的空子。到大陆上可就没这么容易了。

对于佛教势力根深蒂固的两浙地区，新道教想要一举从虎口夺食是不可能的，但是提前挑起佛教与来华耶稣会传教士的争论，首先可以削弱天主教的影响力他们虽然弱小，却有一批热心，愿意奉献一切的教士教徒，发展潜力很大。其次，是利用此次教案打击佛教的声誉，毕竟在整个教案中，佛教徒一直表现出咄咄bi人的态势。必然会招来一部分中间人士的反感。