原本方案中的核心区、绥靖区和治安区的分类和施政方针不变，但是核心区范围扩大为广州特别市、佛山实验区、梧州市、南宁市和桂林市作为五个主要核心区。

除了佛山之外，其他各市都是由原明国的“府”直接转化过来的，除了附郭县之外，大多存在管辖面积过大的问题。所在核心区的治理大多只集中在附郭县亦即府城的范围之内，视情况再在其他所辖县推广。也就是说广州特别市虽然是核心区，但是实际推行“深度治理”的只有南海、番禺、三水这三个县。其他核心治理区亦类似。

在这五个核心区之外，两广的重要地区交通枢纽、商业中心和新建的工矿业中心，亦将作为“深度治理”的对象。这些地区在总体原则上把握“宜少不宜多”，“所管辖地区最大不超过一个县。”

在干部委任上，归化民干部配置的比例将按照心区、绥靖区和治安区逐层减少。在机构和社会改革上的力度也逐次缩小。加大了对“留用人员”的认定使用范围。原本当地的明国地方官员投降的，只要官声考绩尚可的，均可异地调用。对一些治理困难，情况复杂地区，原任官员有较为突出的治理业绩的，经过考察后可以原地留用原职。

清理田亩，推进新税制的工作将只限于核心区，绥靖区和治安区按照过去明国的税赋额度进行征收。

对原本的社会改造，新方案的调门降低了不少。基本确定只在核心区推行。

绥靖区和治安区的措词是“改良”，只明确对“CHANGJI”“乞丐”和“牙行”进行全面改造整顿。过去十分排斥的宗族，措词的调门也大幅度下降了，明确提到，在绥靖区和治安区“禁止宗族对司法和行政的干涉，逐步消除宗族影响”，删去了原本重点提到的“重点打击、逐步消灭宗族势力”的语句。

这一做法毫无例外的在元老院内部引起了争论，不过争论不算太激烈。因为过去他们宗族的势力和作用了解的有限，在解决海南岛当地宗族上太过容易，难免产生了轻视的念头。但是这几个月来广东的现实给他们深刻的教训。宗族势力不但有非常广泛的社会基础，代行着许多官府无法照管到的社会服务工作，更要紧的是，在许多汉瑶杂处，治安紊乱的地区，宗族还是重要的社会稳定器。

摧毁宗族不但要消耗大量的资源，更大的危险是元老院现在没有足够的资源去添补消灭宗族之后留下的空缺。

理想终于败给了现实。要想在两广站住脚。对宗族便不得不容忍。因此除在重点区继续推行旧方针之外，其他地方全部改用新政策。

好在这种调整除了对元老们有冲击感之外，对归化民干部反倒没什么影响。一来他们大多不能理解为什么元老院这么反宗族，二来两广的局势也让他们根本没时间来展开这样的工作。