由于之前内阁辅臣杨景辰、刑部右侍郎苏茂相和礼部左侍郎蔡毅中等病逝还未任命新官员，以及江南乱党案的影响，导致朝廷中枢出现多个空缺，于是朱由校就顺手调整朝廷中枢职位架构：

勒令内阁辅臣来宗道、右都御史解学龙、刑部尚书薛贞、刑部左侍郎乔允升、吏部左侍郎周应秋致仕归乡；

迁北直隶巡抚钱龙锡为刑部尚书，入阁参预机务；

迁兵部右侍郎黄道周为礼部左侍郎；

迁太仆寺少卿侯恂为吏部左侍郎；

迁户部右侍郎毕懋良为刑部左侍郎；

任命左副都御史王绍徽巡抚北直隶；

任命阎鸣泰为兵部右侍郎；

破格提拔王润珠为户部右侍郎，他是成化年间着名数学家王文素的后人，还是戊辰年算科进士第二名，与华三省同为满分高中；

破格提拔宋惠牧为刑部右侍郎，他是宋代着名官员宋慈的后代，原本是安庆知府安上达属下推官，被叛军囚禁，为锦衣卫所救。

朝中大量大小官员职位变动，一批受到江南乱党案影响的官员也随之落马，朝廷中江南士绅和文官集团势力受到巨大限制。

朱由校也开始酝酿财税制度和工部架构的改革，但这必将是一个艰难且漫长的过程，不可能一步到位。

朱由校把在山东和北直隶已经施行落实到基层的“摊丁入亩”制度全面推开，并首先在南直隶和浙江施行“官绅一体当差纳粮”及“火耗归公”制度。