考虑到明代官员俸禄太低，官员生活困窘，很容易造成贪污腐败的现象。朱由校直接废除太祖朱元璋祖制中对官员俸禄的规定，制定施行新的俸禄制度，大幅度提高官员待遇。

基本俸禄上，全面提高各等级官员的月俸，一至三品官提高一倍，四至六品官提高二倍，七至九品官提高三倍；

各等级官员在职时可在皇庄中获得职田，可以自耕或出租，致仕时收回；

仿照后世的退休养老制度创立针对官员和官府当差人员的“养老金”；

在张居正制定的“考成法”的基础上，建立“绩效法”给予补充完善。如果朝廷官员未能完成皇帝下达的任务、达成目标，会受到训斥、罚俸、贬谪甚至下狱的惩罚，反之，能正常完成甚至超额完成的则有相应的荣誉、津贴、升迁等作为奖励。

前期为了安抚流民，朝廷主要实行了几大举措：

第一是招募流民中的精壮人员组建新军补充兵源；

第二是积极兴修水利、大规模建设基础设施，招募流民作为工匠劳力，以工代赈；

第三是迁移流民垦荒屯田。从天启九年七月开始，朝廷就组织船只每个月定时定量向台湾运送流民。己巳战役后为了建设、巩固辽南，又从山东和北直隶迁移了一大批流民；

第四是平定河南农民起义后，朝廷重新掌控了河南地方，就使河南籍流民返回故土。而许多地方因为战火等原因造成十室九空，土地变成无主之地，收回朝廷所有，朝廷就迁移了一些陕西流落过来的流民使他们安居在这些土地上；

但这些远远不够，多年的天灾饥荒，使得整个陕西土地荒芜，人民流散，以上措施虽然可以缓解流民问题，但在平定江南叛乱的过程中，又催生了更多因战乱破产逃亡的流民。

于是，在抄获江南巨额财富之后，朱由校决定将“以工代赈”扩大化，下诏征募百万劳力进行几项庞大的工程：

第一是展开大运河工程，对京杭运河主河道挖掘清淤，疏浚修复部分年久废弃的辅助河道；